安升达新品发布：Plasmid-EZ让您的质粒更可靠

质粒（Plasmid）是存在于细菌、酵母菌等生物中的一种小型、环状DNA 分子，与细菌染色体分开并可独立复制。在生命科学研究、药物开发、细胞基因治疗及临床研究等领域中，质粒都是至关重要的原材料或中间体。

质粒作为作为生物学领域科研和生物治疗的主要运载工具，需要完整的策略对其质量进行控制。质粒的检测标准包含了理化（外观、pH、含量），鉴别（酶切、测序），纯度（同质性、纯度），安全项（无菌、内毒素），杂质残留（HCP、HCD、RNA残留等）。其中，对序列的验证目前主要以Sanger测序技术为主导，但随着DNA合成和克隆技术，以及细胞基因治疗的发展，质粒序列变得越来越复杂，且安全性要求越来越高。比如由于载入太长的外源基因形成的超长质粒，或者含有高GC或含poly序列以及大片段重复序列的复杂质粒，也有由于不同质粒共线生产造成的混合污染质粒等，这些都亟需新的方法来解决相应的大规模验证挑战。

为此，安升达开发了高通量全质粒测序方法Plasmid-EZ，快速高效地获得完整准确的质粒序列。该方法不需要基于已知序列设计测序引物，解决了结构复杂或重复片段等测序难题，能够发现骨架缺失、重组及多聚体等样本情况，是质粒结构验证的高效解决方案。该方法用于质粒序列质控，有助于降低问题排查的时间和成本，保障后续实验及研究的准确性和可靠性。

技术流程

技术参数

适用样本	环状单克隆质粒
样本要求	· DNA样品浓度 20ng/μl ， 体积≥20μl ·纯度要求：OD260/280 1.8-2.0,  OD260/230≥2.0

结果展示

1. 质粒组装序列文件（fasta格式）

2. 质粒图谱及结构注释

利用长读长测序，可以获得完整的质粒图谱，同时也会对其进行结构注释。组装后的基因组序列及结构注释, 可用SnapGene打开，更加直观的对结果进行查看。

产品案例

Plasmid-EZ不需要基于已知序列设计测序引物，可以解决高GC序列或重复片段等测序难题，能够发现骨架缺失、重组、多聚体及混合质粒等样本情况。

案例一：

Plasmid-EZ可以对样本中所有分子进行测序，包括样本中可能存在的降解质粒或其他基因组DNA片段，并且可以直接获得全长序列。

如案例左图中测序读长峰形单一，表明样本是一个单克隆质粒；右图出现多个峰，说明样本中可能存在质粒DNA降解，片段缺失，重组或多聚体等情况。

案例二——高GC质粒

针对高GC区域，Plasmid-EZ可以准确测通，Sanger测序在高GC区域易发生错误或提前测序终止。

案例三——含ITR质粒

对于含ITR序列的质粒，由于ITR区域由高GC含量和长的回文序列组成的T型发夹结构，会抑制普通Sanger测序中的聚合酶链式反应，导致测序发生错误或失败，Plasmid-EZ可以准确检测出所有序列。

案例四——短串联重复序列质粒

对于短串联重复序列质粒，Plasmid-EZ能稳定组装出正确序列，Sanger测序在重复序列下游易出现信号变差、碱基错误问题。

案例五——含大片段重复序列的质粒

对于含大片段重复序列的质粒，传统的Sanger primer-walking由于重复区域过长会造成限制，二代测序会出现无法正确拼接的情况，而Plasmid-EZ 可以完整组装出含重复序列的质粒，与参考序列一致性达到99.99%。

含有两段序列相似度高达98.8%的2.2kb片段

将常规的二代测序方法与Plasmid-EZ的组装结果与参考序列进行比较，可见Plasmid-EZ可以将质粒完整组装出来。

案例六——多聚体质粒

质粒在复制过程中可能会出现多聚体，Sanger测序或凝胶电泳比较难以判断多聚体的存在和大小，根据Plasmid-EZ测序读长分布和质粒理论大小可推测聚体情况。

对以下4个质粒进行Plasmid-EZ测序，通过测序结果可推测出是否存在多聚体，以及多聚体的具体情况。

案例七——混合质粒

将两个序列相似度低的质粒按照质量比1:3混合为一个样品进行测序、组装，两个质粒分别组装成功，与参考序列的一致性分别为100.00%和99.91%。

案例八——大质粒

Plasmid-EZ对于大质粒也可以成功组装，并验证成环。

~34kb

~55kb

小结

全质粒测序（Plasmid-EZ）可以快速高效地获得完整准确的全长质粒序列，最快可1天出结果，且不需要提供已知序列信息或测序引物。基于安升达的Plasmid-EZ测序，可以为质粒质检提供更全面、可靠、准确的信息，轻松解决高GC序列、重复片段或多质粒测序难题，是质粒结构验证的最佳解决方案。

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关于安升达高通量测序

安升达配备有完整的一代、二代和三代测序平台，可为客户提供多种测序读长、通量和时间周期选择，满足生命科学研究用户对成本和速度的差异化需求。通过自主研发和合作开发，在全长转录组、全长16S分析及基因组学分析等方面形成了独特的技术优势。凭借持续的研发创新，全球化的运营管理和先进的设备平台，为科研人员在基因组学研究、精准医疗与其它应用领域的研究提供最全面的基因组学解决方案。

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